Pakistan có diện tích 881,640 km² (340,403 dặm vuông),[85] xấp xỉ bằng diện tích của Pháp và Anh. Các vùng phía đông nước này nằm trên đĩa kiến tạo Ấn Độ và các vùng tây và bắc trên cao nguyên Iran và lục địa Á Âu. Ngoài 1,046-kilômét (650 dặm) bờ Biển Ả Rập, các biên giới trên bộ của Pakistan có tổng chiều dài 6,774 kilômét—2,430 kilômét (1,509 dặm) với Afghanistan ở phía tây bắc, 523 kilômét (325 dặm) với Trung Quốc ở phía đông bắc, 2,912 kilômét (1,809 dặm) với Ấn Độ ở phía đông và 909 kilômét (565 dặm) với Iran ở phía tây nam.[29]

Các cao nguyên phía bắc và phía tây Pakistan gồm các dãy núi Karakoram và Pamir cao ngất, gồm cả một số những đỉnh cao nhất thế giới, như K2 (28,250 ft; 8,611 m) và Nanga Parbat (26,660 ft; 8,126 m). Cao nguyên Balochistan nằm ở phía tây, và sa mạc Thar và một sự mở rộng của các đồng bằng bồi đắp, Punjab và Sind, nằm ở phía đông. Sông Indus dài 1,609 km (1,000 dặm) và các phụ lưu của nó chảy xuyên qua đất nước từ vùng Kashmir vào Biển Ả Rập.[86]

Pakistan có bốn mùa: một mùa đông lạnh và khô từ tháng 12 đến tháng 2; một mùa xuân nóng và khô từ tháng 3 đến tháng 5; mùa hè nhiều mưa, hay giai đoạn gió mùa tây nam, từ tháng 6 đến tháng 9; và giai đoạn gió mùa rút đi từ tháng 10 đến tháng 11. Sự bắt đầu và quá trình của các mùa này hơi khác biệt tuỳ theo địa điểm.[87] Lượng mưa có thể khác biệt rất nhiều tuỳ theo năm, và những mô hình kế lụt và hạn hán kế tiếp nhau cũng không hiếm thấy.[88]

Hệ động thực vật

Con vật quốc gia Pakistan là Markhor và loài chim quốc gia là Chukar, cũng được gọi là Chakhoor trong tiếng Urdu.[89] Sự đa dạng trong phong cảnh và khí hậu ở Pakistan cho phép nhiều loài động vật và chim hoang dã phát triển. Các khu rừng từ tùng bách núi cao và các loài cây cận núi cao như vân sam, thông và thông tuyết ở các vùng núi phía bắc tới các loài cây rụng lá như Shisham kiểu dâu tằm ở dãy Sulaiman ở phía nam. Các vùng đồi phía tây có cây bách xù và cây thánh liễu cũng như các loại cỏ lá rộng và cây bụi. Dục theo bờ biển phía nam là các rừng xoài chiếm hầu hết các vùng đất ẩm bờ biển.[90]

Ở phía nam, có cá sấu sinh sống tại các vùng nước tối tại cửa sông Indus trong khi trên các bờ sông, có các loài lợn lòi, hươu, nhím, và các loài gặp nhấm nhỏ sinh sống. Tại các vùng đất cây bụi cát ở trung Pakistan có chó sói, linh cầu, mèo rừng, báo còn trên trời có các loài chim ưng, diều hâu và đại bàng. Ở các sa mạc phía tây nam có các loài báo Cheetah châu Á sinh sống. Ở những vùng núi phía bắc có nhiều loài thú quý đang gặp nguy hiểm gồm cừu Marco Polo, cừu Urial, dê Markhor và Ibex, gấu đen và gấu xám Himalaya, và loài báo tuyết quý hiếm. Trong tháng 8 năm 2006, Pakistan đã tặng một con báo tuyết mồ côi tên là Leo cho Mỹ.[91] Các giống loài quý hiếm khác là cá heo mù sông Indus khoảng 1,100 được cho là còn đang tồn tại, được bảo vệ tại Khu dự trữ cá heo sông Indus ở Sindh.[92] Trong những năm gần đây số lượng các loài thú hoang dã bị giết để lấy lông và da khiến nước này phải ra một luật mới cấm săn bắn các loài thú hoang và chim và thành lập nhiềm khu vực dự trữ bảo vệ các loài sinh vật này. Số lượng thợ săn đã giảm đáng kể sau đó.[93]